Servicios

GENÓMICA

Personal

Lorena Latorre Garcia · Responsable del Servicio

Contacto

Tel.: +34 963 877 885 Ext.: 77885 - lolagar@ibmcp.upv.es

Descripción

El Servicio proporciona a los investigadores del IBMCP, otros organismos públicos de investigación o a la empresa privada diferentes diferentes prestaciones en el área de la genómica.

Fundamentalmente, realiza análisis de microarrays de ADN que permite determinar los perfiles de expresión génica de las principales especies de plantas y de otros organismos de interés utilizando la plataforma tecnológica de Agilent Technologies (http://www.agilent.com/home). Destacan los arrays comerciales de organismos modelo como Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum y Medicago truncatula, así como los de interés agronómico Triticum aestivum (wheat), Oryza sativa (rice), Zea mays (maize), Solanum lycopersicum (tomato), Brassica napus (turnip), Gossypium hirsutum (cotton) y Hordeum vulgar (Barley). Además de microarrays de expresión génica (GE) el servicio también cuenta con la posibilidad de realizar microarrays CGH, CGH+SNP, ChIp-on-chip y miRNAs.

El procesado de microarrays incluye el asesoramiento en el diseño experimental, el análisis de integridad, marcaje e hibridación de los ARNs y el escaneo de los microarrays así como el tratamiento estadístico de los datos obtenidos si el usuario lo precisa.

El diseño experimental más eficiente depende del número de condiciones a comparar, el número de replicas necesarias (mínimo 3 para realizar los test estadísticos) y la tecnología empleada. En la actualidad, el desarrollo tecnológico permite realizar experimentos One y two-color. En estos últimos las muestras a comparar se hibridan en el mismo cristal tras ser marcadas con dos fluoróforos distintos (cianinas Cy3 y Cy5) de forma que se establece una competición por las sondas del cristal. La cuantificación de las intensidades de fluorescencia permite el análisis directo de la expresión diferencial de cada una de las sondas, tras los procesos previos de normalización y estudio estadístico. En los experimentos One-color este análisis comparativo se realiza virtualmente a partir de las intensidades de fluorescencias obtenidas cuando los cristales se hibridan por separado con cada una de las muestras marcadas con un único fluoróforo, ampliando de esta forma las posibilidades del estudio.

El servicio también dispone de un sistema robotizado (MicroGrid II) que permite imprimir microarrays de colecciones de oligonucleótidos o productos de PCR proporcionados por el usuario. En este caso se incluye el diseño e impresión de los cristales a los servicios de procesado de los microarrays.

Por último, el servicio ofrece el análisis de muestras mediante electroforesis por nanocapilares (Bioanalyzer 2100 de Agilent). El análisis permite cuantificar y conocer la integridad de muestras de ácidos nucléicos (ARN y ADN) como requisito previo de calidad a su utilización en otros experimentos, realizar genotipados de ADN y seguimientos de los procesos de purificación de proteínas de manera precisa.<

Normas - Solicitudes - Tarifas

Procedimiento administrativo:

Usuarios Externos

  1. Los usuarios solicitarán presupuesto en función de diseño de su experimento. 
  2. Una vez acordado la realización del experimento, facilitarán los datos de Usuario Externo que coincidirán con los datos de facturación posterior.
  3. A su vez, tramitarán Hoja de Encargo según normativa.
  4. Los usuarios entregarán las muestras para su procesado directamente al servicio por mensajería (Véase Requisitos de las muestras).
  5. Tras la realización del análisis se recogerán o enviarán los archivos de datos generados.
  6. Los usuarios entregarán la Nota de Entrega que deberá tramitarse de conformidad a la normativa.

Usuarios Internos

  1. Los usuarios solicitarán presupuesto, en caso necesario.
  2. Se tramitará el Pedido Interno a través de la plataforma GestCompras del centro.
  3. Se acordará con el usuario, la recogida de muestra y el envío de los resultados tras el análisis.

Requisitos muestras:

Microarrays

      Muestras de RNA total extraído y purificado del organismo de estudio con una concentración mínima de 100 ng/ul. Volumen mínimo de 5 ul.

      Se comprobará la integridad en el Bioanalyzer 2100 de Agilent Technologies, siendo necesario un RIN (RNA Integration number) mínimo de 7-6.5 para realizar experimento.

Análisis calidad con el Bioanalyzer 2100   

      En todos los casos se rellenará la Hoja Pedido.

Tarifas

Equipamiento

Escáner para microarrays, GenePix 4000B de Axon Instruments.

Bioanalizador 2100 de Agilent Technologies.

Sistema robotizado de Impresión de microarrays, Microgrid II (Biorobotics) de Digilab.

Hornos de Hibridación de Agilent Technologies.

NanoDrop ND1000 para el control de calidad de la muestra y del marcaje.

Termocicladores, GeneAmp PCR System 9700 de Applied Biosystems.

Este equipamiento permite realizar microarrays comerciales de Agilent Technologies así como arrays de fabricación casera impresos en soportes (portaobjetos derivatizados) de tamaño estándar.